Persona 5 er et spil om interne og eksterne konflikter hos en gruppe urolige gymnasieelever - hovedpersonen og en samling af landsmænd, han møder i spillets historie - der lever dobbelt liv som Phantom Thieves.
De har den typisk almindelige daglige dag af en gymnasium i Tokyo - deltager i klasse, aktiviteter efter skoletid og deltidsjob. Men de foretager også fantastiske eventyr ved at bruge andre verdenskræfter til at komme ind i folks hjerter. Deres magt kommer fra Persona, det jungianske begreb "selvet".
Spillets helte er klar over, at samfundet tvinger folk til at bære masker for at beskytte deres indre sårbarheder, og ved at bogstaveligt talt rive deres beskyttelsesmasker af og konfrontere deres indre selv vækker heltene deres indre kraft og bruger den til at stræbe efter at hjælpe dem i nød.
I sidste ende søger gruppen af Phantom Thieves at ændre deres daglige verden for at matche deres opfattelse og gennemskue de masker, som det moderne samfund bærer.
