Året er 1913. Dampskibet SS Atlantica er to dage ude fra havn på sin rejse over Atlanterhavet. Dens intetanende passagerer forudså fuldt ud en rolig rejse til Boston, Massachusetts, uden noget ud over det sædvanlige at se frem til. Imidlertid plager mærkelige mareridt folkene ombord på skibet hver nat; rygter cirkulerer om mørke former, der følger tæt bag skibet lige under bølgerne; og spændingerne stiger, da et lig bliver opdaget i skibets kapel, tegn på et mærkeligt ritual, der er spredt rundt om liget.
Der lurer i dybet af Atlanterhavet en sværm af ondskabsfulde, uudsigelige rædsler: De dybe, ledet af Moder Hydra og Fader Dagon. Af ukendte årsager har de rettet blikket mod Atlantica, og deres håndlangere, i form af menneske-Deep One-hybrider, har infiltreret dampskibet for at hjælpe med at sænke det indefra. Hvert spil Unfathomable har en eller flere spillere, der påtager sig rollen som en af disse hybrider, og hvor godt de i al hemmelighed kan sabotere de andre spilleres indsats kan betyde forskellen mellem en vellykket rejse og et sunket skib.
Hvis du er et menneske, skal du afværge Deep Ones, forhindre Atlantica i at tage for meget skade og omhyggeligt styre skibets fire afgørende ressourcer, hvis du ønsker noget håb om at komme til Boston, alt imens du prøver at finde ud af, hvilke af dine medspillere er venner og som er fjender. Alle deler den samme ressourcepulje, men mennesker vil forsøge at bevare dem, mens forrædere vil stræbe efter subtilt at udtømme dem. At kunne fortælle, når nogen målrettet dræner gruppens ressourcer, er sværere, end man tror, især når man tager kriser i betragtning!
I slutningen af hver spillers tur skal den spiller trække et mythos-kort. Hvert af disse kort repræsenterer en krise, som hele gruppen skal forsøge at løse sammen. Nogle af disse kriser, såsom fødevarerationering, kræver et valg, der potentielt kan bringe skibets passagerer eller ressourcer i fare, mens andre, såsom Hull Leak, kræver en færdighedstest, hvor fejl kan have katastrofale konsekvenser.
Under en færdighedstest bidrager hver spiller med færdighedskort fra deres hånd til en bunke med billedsiden nedad, som deles af gruppen. Når alle har bidraget (eller valgt ikke at gøre det), blandes kortene og afsløres derefter. Hvis nok af de rigtige færdigheder blev bidraget, så består gruppen testen! Men hvis de forkerte færdigheder blev bidraget, kan de faktisk hindre resultaterne, hvilket fører til fiasko. Færdighedstests er således farlige muligheder for forrædere til at sabotere menneskets indsats, så man skal hele tiden holde sig på tæerne.
